生物肥料是指一類含有大量活的微生物的特殊肥料。這類肥料施入土壤中，大量活的微生物在適宜條件下能夠積極活動：有的可在作物根的周圍大量繁殖，發揮自生固氮或聯合固氮作用；有的還可分解磷、鉀礦質元素供給作物吸收或分泌生長激素刺激作物生長。由此可見，生物肥料不是直接供給作物需要的營養物質，而是通過大量活的微生物在土壤中的積極活動來提供作物需要的營養物質或產生激素來刺激作物生長，這與其它有機肥和化肥的作用在本質上是不同的。
生物肥料的種類很多，現在推廣應用的主要有根瘤菌類肥料、固氮菌類肥料、解磷解鉀菌類肥料、抗生菌類肥料和真菌類肥料等等。這些生物肥料有的是含單一有效菌的制品，也有的是將固氮菌、解磷解鉀菌復混制成的復合型制品，
目前市場上除了根瘤菌類等少數肥料制品是含單一的有效菌外，大多數制品都是復合型的生物肥料。
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