由于濕基質含水率可達70%～80%,如果水分得不到控制，會導致堆肥溫度降低和操作無效。
通常，有機物聊的水分含量越高，就需要越大的空間以保證充分通風。糞便、污泥均屬不易碎的物料，且缺少多孔結構，另外具有可塑性，物料自重也會使料堆變得更加緊實，這樣孔隙體積會變得更少，使得堆肥十分困難。
對于濕基質，在設計或操作時應注意：
1，原料藥進行結構調節，以獲得易碎的混合無聊，如添加鋸末、秸稈等；
2，進行能量調節，使得堆肥期啟動快速，保證熱動力平衡，包括添加能值高的無聊或添加接種劑。
另外還要考慮通暢的空氣供應系統和溫度控制系統，同時還要保護堆肥混合物免受風雨的侵蝕，因為水分過大堆制就很難進行。
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