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有機肥養分含量低。有機肥雖然所含養分種類較多，但養分含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機肥施用量不是很大的情況下，很難滿足作物對營養元素的需要。而化肥養分含量高，肥效迅速，可根據作物需要量的多少，有針對性地補充，但肥效期短。為了獲得高產，應將有機肥與化肥配合施用，取長補短，發揮各自的優勢，在數量和時間上滿足作物對各種營養元素的需要。

有機肥需經過發酵處理。許多有機肥帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥中含有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過發酵、加工處理后才能施用，生糞不能進地。

有機肥施用有禁忌。充分腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，以免造成氨的揮發，降低有機肥養分含量。有機肥含有較多的有機物，不宜與硝態氮肥混用。