有機肥堆肥間的屋頂形狀選擇舍內換氣良好的形式，發酵車間和陳化車間水汽較大，應采用合理的通風設置，目前常采用雙向墻面開創對流和屋頂高窗換氣的方式進行。當堆肥設施設計有除臭系統時，可以對車間內通風和換氣起到較好的效果。
屋架使用鋼結構，屋面可采用彩鋼板或陽光板結構；采用適宜的跨度設置，橫寬較寬時，考慮設置中柱。柱、梁結構可能會遭到堆肥發酵產生化學物質的腐蝕，采用鐵質材料時應做好防腐處理。
關于堆肥間的屋頂形狀，小規模堆肥舍一般采用一面坡屋頂，大規模的堆肥舍多采用人字形屋頂。在選擇屋頂形狀時，必須充分考慮內部換氣。人字形屋頂，在中央的屋脊部大多設置高窗。如果堆肥舍內部的換氣良好，鐵架部分生銹現象極少。
屋頂材料采用堆肥干燥的通透性良好的材質。在多雪地區，選擇積雪易于滑落的材質和安裝方法。屋頂材料采用太陽光線通透良好的陽光板結構可以有效地促進堆肥干燥。
堆肥間由于堆肥的產熱，積雪易于滑落，特別是多雪的地區，為了不妨礙積雪滑落，考慮屋頂材料的固定方法也很重要。另外，如果滑落的積雪積累，可阻礙屋頂積雪的滑落，同時對設施形成巨大的側面壓，因此，必須對堆肥間的側面進行除雪處理。
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