有機肥較之化肥的一個突出的特點就是可以培肥土壤，從長遠來看對整個農(nóng)業(yè)體系有益，從宏觀來看可以對整個農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)起到平衡的作用，對于實現(xiàn)社會、經(jīng)濟和生態(tài)效益都具有積極的意義。
土壤有機質(zhì)含量是衡量土壤肥力的一項重要指標， 是土壤肥力的物質(zhì)基礎。土壤有機質(zhì)直接影響著土壤的保肥性、保水性、緩沖性和通氣狀況等。施用生物有機肥不僅能補充被消耗的植物養(yǎng)分， 而且還能不斷提高土壤有機質(zhì)含量。
目前我國耕地中， 80%的面積缺氮， 50%缺磷， 30%缺鉀，有機質(zhì)不足 1%。而各類有機肥資源中通常含有機質(zhì) 60%以上，含氮 2.5%，含磷 2%以上，不但是良好的肥源，還是良好的土壤改良劑。
有機肥養(yǎng)分全面，含有作物生育必需的大量元素和微量元素，還含有豐富的有機質(zhì)，有些能夠直接被作物吸收利用，有些經(jīng)過微生物的分解釋放被作物利用。它還含有大量微生物及其分泌物和酶、激素、生長素等活性物質(zhì)，可促進作物根系發(fā)育，使作物更好地利用土壤中的養(yǎng)分。有機肥可提高土壤有機質(zhì)含量，改良土壤理化性質(zhì)，從而使土壤中氮、磷等營養(yǎng)元素含量增加。
有研究表明，在蘋果園中施用有機肥后， 有機質(zhì)含量較對照增加 75.8 %，土壤容重較對照降低 12.50 %，毛管孔隙度增加 9.8 %，可以明顯改善土壤結(jié)構(gòu)，增加土壤孔隙度，提高土壤保水保肥和通氣能力有機質(zhì)經(jīng)微生物分解，縮合成新的腐殖質(zhì)，它能與土壤中的粘土及鈣離子結(jié)合，形成有機無機復合體，促進土壤中水穩(wěn)性團粒結(jié)構(gòu)的形成，從而可以協(xié)調(diào)土壤中水、肥、 氣、熱的矛盾，改善土壤結(jié)構(gòu)，使土壤疏松，耕性變好。
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