豬糞含有豐富的氮、磷、鉀和有機質，是有機肥的好原料。但同時，豬糞中也含有很多揮發性物質、病原微生物、寄生蟲卵及重金屬等，若不做處理而直接施用于農田，會對生態環境和人畜健康帶來不良影響。豬糞要做為真正的有機肥施用于農田，還需要借助肥料發酵劑做進一步的發酵處理。
操作方法：
可在發酵前在豬糞中適當添加稻草、粉煤灰或木屑、樹葉等調節C/N比為20～25。
豬糞約2.5噸宜用1公斤EM菌發酵液糞便發酵劑。每公斤發酵液可用5～10公斤米糠拌勻稀釋后再均勻撒入物料堆。因為發酵過程是好氧過程，因而在混勻物料和發酵助劑時，要做到拌勻、勤翻、透氣為佳。啟動在15℃以上，水分控制在60%～65%（判斷方法：手抓一把物料，指縫見水印不滴水，落地即散為宜），堆積發酵一周左右，豬糞便可發酵完成。
經EM菌發酵液完全發酵后的豬糞，臭味全無，病菌及寄生蟲卵也被殺滅，還在發酵后的肥料中產生了菌體蛋白和菌群代謝產物，補充了營養，施用時不會發生燒根燒苗的現象。傳統的堆肥法雖然也可以完成這一過程，但存在啟動慢，發酵不完全，易產生二次發酵，而且發酵時間長等問題。EM菌發酵液可大大優化了這一過程：降低了啟動溫度，大大縮短了發酵時間，降低了堆肥制作的成本。
豬糞堆肥發酵法以其成本低廉，能有效殺滅病原菌和除臭，改善畜禽廢物不良的物理性狀，使畜禽廢物減容和達到徹底穩定的效果等優點而備受人們的關注，并已成為當前畜禽廢物無害化和資源化的重要途徑之一。糞便發酵劑，可針對豬糞發酵過程中存在的不足，大大優化這一過程，生產出更讓人放心的有機肥料。
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