溫度對發酵的影響是多方面且錯綜復雜的，主要反映在細胞生長、產物形成、培養基的物理性質和生物合成方面。
1，對細胞生長的影響
在一定范圍內，菌體是隨著溫度的上升而生長代謝加快的。這是由于溫度使酶的反應速度加快，呼吸強度加強而引起的。然而隨著溫度的上升，酶失活的速度也加快，菌體提前衰老，這對發酵生產又是不利的。
2，對產物形成有影響
在抗生素的發酵生產中，大量試驗證明：產物形成速率對溫度反應最為敏感，溫度過高或過低都會造成生產速率下降。
3，對發酵液屋里性質的影響
時間證明溫度會改變發酵液的黏度，溫度升高，氣體在發酵液里的溶解度減小，氧的傳遞也會隨之改變。
4，影響生物合成方向
在發酵管理過程中發現這樣的現象，同一株生產菌在不同的發酵溫度下會產生不同的代謝產物，因此，在發酵生產過程中，有機要重視溫度的調節控制。
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