在農業部獲得登記的生物有機肥生產企業, 基本上以從事微生物肥料生產為主, 這些企業利用原有的菌劑生產技術, 通過購買一些必要的發酵設備, 開始了生物有機肥的生產。在發酵生產工藝上, 多采用槽式堆置發酵法, 其他的發酵方法, 如平地堆置發酵法、發酵槽發酵法、密封倉式發酵法、塔式發酵法等在生產中也得到了應用。在發酵、腐熟過程中物料的水分、C/N 比、溫度等的調節及腐熟劑的使用是生產工藝的關鍵, 特別是菌劑的
應用直接影響著物料發酵的周期及腐熟程度。 經過腐熟的物料基本實現了產品的無害化, 從而也有利于后處理過程中所加入功能菌的存活。 在發酵物料的后處理方面, 大多數企業加入功能菌劑進行復配、定形, 產品劑型以粉劑為主。 此外, 有 1/3 的產品在后處理過程中采用了造粒技術, 多數以圓盤造粒為主, 但也有采用滾筒造粒或擠壓造粒的。顆粒產品克服了粉劑產品外觀差、層次低的缺點, 提高了產品的商品性, 但同時也提高了企業的生產成本, 并對有效菌的存活產生了一定的影響。